Simba 기능
심바는 디즈니의 '라이온 킹'의 상징적인 애니메이션 사자 캐릭터이자 주인공으로, 도전 과제를 극복하고 자신의 책임을 받아들이며 걱정 없는 새끼 사자에서 프라이드 록의 정당한 왕으로 성장합니다.
더 보기Simba의 주요 기능
SIMBA는 세포와 다양한 특징(유전자, 크로마틴 접근 가능 영역, DNA 서열 등)을 공유 잠재 공간에 독특하게 공동 임베딩하는 다목적 단일 세포 데이터 분석 도구입니다. 이는 단일 모달 및 다중 모달 분석 모두에 대한 포괄적인 데이터 연결성 및 분석 기능을 제공하여 세포 이질성 연구, 마커 발견, 유전자 조절 추론, 배치 효과 제거 및 오믹스 데이터 통합과 같은 작업을 가능하게 합니다.
공동 임베딩 프레임워크: 세포와 여러 유형의 특징을 공통 잠재 공간에 임베딩하여 서로 다른 데이터 유형의 통합 분석을 가능하게 합니다
그래프 기반 아키텍처: 세포와 유전자 및 TF 모티프와 같은 다양한 생물학적 엔티티 간의 관계를 모델링하기 위해 그래프 임베딩 기술을 사용합니다
다중 모달 분석 지원: 단일 모달 및 다중 모달 데이터 분석을 모두 처리하며, 다양한 유형의 유전체 측정 통합을 지원합니다
클러스터링 없는 분석: 사전 세포 클러스터링 없이 분석을 수행하여 보다 유연하고 편향되지 않은 특징 발견을 가능하게 합니다
Simba의 사용 사례
단일 세포 RNA 시퀀싱 분석: 단일 세포 RNA 시퀀싱 데이터에서 유전자 발현 패턴과 세포 이질성을 분석합니다
크로마틴 접근성 분석: scATAC-seq 데이터에서 크로마틴 구조와 접근성 패턴을 연구합니다
다중 오믹스 통합: 여러 단일 세포 측정 모달리티의 데이터를 동시에 통합하고 분석합니다
배치 효과 수정: 생물학적 신호를 보존하면서 단일 세포 데이터셋에서 기술적 변동성과 배치 효과를 제거합니다
장점
여러 유형의 단일 세포 데이터에 대한 통합 분석 프레임워크
사전 세포 클러스터링 필요 없음
단일 및 다중 모달 분석 모두 처리 가능
단점
대규모 데이터셋에 대한 컴퓨팅 자원이 필요합니다
최적 사용을 위해 생물정보학 전문 지식이 필요할 수 있습니다
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