Simba Recursos
Simba é um personagem versátil do O Rei Leão da Disney e uma poderosa plataforma de conectividade e análise de dados para pesquisa comportamental e integração de dados empresariais.
Ver MaisPrincipais Recursos do Simba
Simba é um método versátil de incorporação de células únicas que co-incorpora células e várias características como genes, regiões acessíveis à cromatina e sequências de DNA em um espaço latente compartilhado. Ele permite a análise unificada de dados de células únicas em múltiplas modalidades, possibilitando tarefas como análise de heterogeneidade celular, descoberta de marcadores, inferência de regulação gênica, remoção de efeitos de lote e integração de dados ômicos.
Incorporação conjunta de células e características: Co-incorpora células e características definidoras como genes e regiões de cromatina em um espaço latente comum
Análise multimodal: Suporta a análise de dados de RNA-seq de célula única, ATAC-seq e multi-ômicos em uma estrutura unificada
Abordagem baseada em grafo: Utiliza técnicas de incorporação de grafo para modelar relações entre células e características
Análise sem agrupamento: Permite a descoberta de marcadores e análise celular sem depender de agrupamento discreto
Casos de Uso do Simba
Transcritos de célula única: Analisar a heterogeneidade da expressão gênica e identificar genes marcadores em dados de scRNA-seq
Estudos de epigenômica: Investigar padrões de acessibilidade da cromatina e elementos regulatórios em dados de scATAC-seq
Integração multi-ômica: Integrar e analisar conjuntamente dados de sequenciamento de RNA e ATAC de célula única correspondentes
Correção de efeito de lote: Remover efeitos técnicos de lote em conjuntos de dados de célula única enquanto preserva a variação biológica
Prós
Estrutura unificada para múltiplas tarefas de análise de célula única
A abordagem sem agrupamento permite uma análise mais detalhada
Suporta a integração de múltiplas modalidades de dados
Contras
Pode exigir mais recursos computacionais do que métodos mais simples
A abordagem baseada em grafo pode ser complexa para interpretar para alguns usuários
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